たまにピックアップの出力が下がることがあるということなのでチェックしておきます。

キレイにまとまった配線で特に問題があるようには見えません。

ピックアップのコイルワイヤの両端で、ハンダとの接触不良がでることがあります。　症状がでないのでハッキリしないのですが、おそらくこれが原因と思われるので、すべてのアイレットに半田ごてをあててハンダを溶かし直していきます。

ジャックもチェックしました。　コール側の配線にしっかりハンダが染みこんでいなかったので、ハンダ付けし直しました。　でもおそらくここが原因ではないと思います。

1・2弦のナットとリテーナーの間に振動が逃げている件ですが、プレス式のリテーナーの形状に問題があるように思います。

在庫していたフェンダー純正のリテーナー（手前）より背が高いです。　3弦よりも角度がつかなくなっているので、ナット溝の角度に制限があります。

リテーナーを変えるかスペーサーとネジを交換するか考えます。