フロントとリアのピックアップを同時に鳴らすと、3弦だけ位相が逆になって音が小さくなるベースです。

リアピックアップは1・2弦用のコイルと3・4・5弦用のコイルに分かれています。

フロントピックアップは1・2・3弦用のコイルと4・5弦用のコイルに分かれています。

プレベなんかだと逆巻き逆磁極のコイルが2つ並んでいますが、フロントはフロントで、リアはリアで同じ磁極なのです。

これでノイズキャンセルしているならば、ひとつのピックアップで1弦側のコイルと5弦側のコイルで位相が逆の信号がでています。　それ自体は問題ないのかもしれませんが、フロントとリア間で各弦の位相は合っていないとフェイズアウトしますよね。

すでにいろいろいじられている中古楽器のようですから、元がどうなっていたかもサッパリ分かりませんが、リアピックアップの取り付けの向きが逆なのは間違いないでしょう。

フロント側は1弦側に属しているのに、リア側は5弦側に属しているのが3弦だけフェイズアウトする理由です。　このベースはよその修理品なので、ここから先はよく分かりません（笑）　でも良いヒントを教えてあげることはできましたね。

もともと、となりあったコイル同士で逆磁極になっていたのを誰かが間違って、フロントとリアで逆になるように着磁し直したというパターンもあり得ますね。　変に磁力が弱かったしありそうです。

その場合は、コイルの巻き方向がどうなっているのかを調べてから、位相が合うように磁極を決めて、コイルを4個にバラしてから着磁し直す必用があると思うので、そこまでやるのか交換するのか決めた方が良さそうですね。