3弦の開放で異音がすると思ったら巻き付け位置がヘッド面から離れていてナット上で角度がついていないからのようです。　下へ押すか、もう少し多めに巻くなどすると良さそうですね。

フレットのラインに打たれたポジションマークを埋めて、フレットとフレットの中央に穴をあけて新しいポジションマークを入れ直しました。

通常の作業を2回やった感じですね。