6フレット付近にトラスロッドが効いているのでやっぱりローポジションが逆反ってしまいます。

やっぱり指板のこのあたりを研磨するしかなさそうです。　多少ハイポジションに順反りが残っていてもフレットを打つときに溝の広さをコントロールすれば逆反り方向に持って行けると思うので、そこも見越して良い具合に削りましょう。