弦を張ったままのすり合わせで精度と高さ調整が一緒にできるかと思ったのですが、亜フレットの頭が平らになりすぎて1.2mm辺りから削れなくなりました。

一度弦を外してお粗加工が必要です。　1.15mm付近まで削り落とします。

大まかに丸めました。

ここで弦を張りましょう。

フレットの高さをなるべく一緒にしようとすると、中央に弦との間に隙間ができます。　そういう指板の状態なのでしょう。　ロッドを少し締めたりしつつフレットの頂点を整えていきます。

ロッドナットに塗装がのっているので先に分解清掃して、トルク調整剤塗布もしてからネック調整しましょう。