ゼロフレットが他のフレットより僅かに高くなるようにしたいのですが、そのままでは高さがありすぎます（ゼロコンマ数ミリの話ですが）。

ナット溝を切る要領で削ります。　この後フレットを丸め直すという方法を取りましょう。