ピックアップの位相などをチェックしました。　抵抗値が12kΩと結構高めですね。

コイル線の太さなどで結果的にインダクタンスが変わりますから、直流抵抗値だけで音は決まらないでしょうけれど、直流抵抗値が大きいものは基本的に音が大きくて低音のしっかりしたものが多いです。

ボリュームポットなどは500kΩで良いでしょう。